祝由之术存在已久，几可远溯上古。《古今医统大全·卷之一》：“上古神医，以菅为席，以刍为狗。人有疾求医，但北面而咒，十言即愈。古祝由科，此其由也。”《黄帝内经·素问·移精变气论篇·第十三》：“黄帝曰：余闻古之治病，惟其移精变气，可祝由而已。”《圣济总录·卷第四·治法·由》：“周官疡医，掌众疡祝药劀杀之齐，必先之以祝，盖医之用祝尚矣。”历代以来中医体系都有祝由一脉，及唐·王焘《外台秘要》收载“祝由科”，说明最迟在唐代，祝由已成为中医体系独立一科，例如明代太医院设医术十三科：“曰大方脉，曰妇人，曰伤寒，曰疮疡，曰针灸，曰眼，曰口齿，曰咽喉，曰接骨，曰金镞，曰按摩，曰祝由”。但据张介宾所说，“今按摩、祝由二科失其传，惟民间尚有之”；而上溯直至《黄帝内经》，通篇不言鬼神邪祟，认为“因知百病之胜，先知百病之所从”是祝由取效的原因，王冰的注文也仅“祝说病由，不劳针石而已”几个字，说明祝由一直处于中医体系的边缘。历代医家或有信者，或有疑者，或有两存者，以之为临床权变之术。即便著有四卷《祝由录验》的赵学敏，对待祝由的态度也是“禁法之大莫如水法，次则祝由，兹录其小者，绝扰屏嚣，均无妨于大雅。其有近于巫、觋所为者，概在所摈。”（见《串雅内外编·串雅内编·凡例》）
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